Pelecyphora missouriensis

[vlani]

Вышла статья мексиканских ботаников под названием "Phylogenetic relationships in Coryphantha and implications on Pelecyphora and Escobaria" Ссылку не привожу, статья легко неходится по названию, язык - английский.

В ней авторы на основе омеющихся молекулярных данных, в том числе своих, предлагают очередную перекомбинацию имен для давно известных растений. В частности, известная по крайней мере с 2004 года близкородственность пелецифор и эскобарий у них сформулирована в виде перевода эскобарий, вместе с выпадающей из корифантового клада корифанной макромерис, в более старый род Pelecyphora. Что интересно, из 25-ти переписанных в пелецифоры эскобариям у них данные есть только на 8 - видимо, скурпулезность - не их конек.

Чтобы два раза не вставать, они записали несколько маммиллярий в род Cochemiea - не безосновательно, конечно, род Mammillaria еще по данным Баттерворфа-Уоласа 2004 года распадается родов на 5. В частности, теперь есть название Cochemiea mazatlanensis

Очередная вспышка гнева горячих последователей старины Бакеберга, разумеется, вскоре последует, мы же остаемся на позиции "Важно не какое название правильнее, важно, чтобы собеседники понимали, о каком растении идет речь"

[Melnikoff]

А я ещё два года назад предупреждал: "Сначала отряхнули от пыли оспоренные и отклоненные труды американских кактологов и заявили о их приоритете на том лишь основании, что американцам виднее какие кактусы растут в Америке. Затем подтянулись мексиканцы и ещё в корректной форме, но тоже внесли безответственную путаницу в несколько родов на том основании, что им виднее какие эхинокактусы растут в Мексике. Потом включились англичане и кактусисты с ужасом осознали, что привычный мир пародий, неочилений и хаматокактусов стоит на пороге гибели. Любители перестают понимать друг друга, торговцы растениями воспользовались всем арсеналом синонимов для того чтобы разнообразить предложение и тем самым ещё больше запутали и без того ещё не распутанную сеть родов и видов. И это ещё не все – когда подрастающее поколение мексиканских ботаников спросит, почему в названиях кактусов, среди тысяч таксонов нет ни единого индейского слова и лишь одно мексиканское… Мало не покажется никому!"
Простите за самоцитирование...

[Волорт]

Саша, чем бы детя не тешилась.

[Gursa]

Саша, чем бы детя не тешилась.

Лишь бы не плакало ! А по сути полный дурдом !

[vlani]

Ну почему нет ни единого индейского слова? Их полно как раз. Например род Xiquexique

[Волорт]

Не праведного гнева не будет, я давно положил на их чудачества. И пишу на бирках как мне удобней. Мне ещё никто не доказал что свинья мой родственник.

[Владислав]

Есть индейские слова. Например, именами индейских богов (Вицлипуцли, Тлалок) названы маммиллярии.

[elektro-kot]

Вышла статья мексиканских ботаников под названием "Phylogenetic relationships in Coryphantha and implications on Pelecyphora and Escobaria" Ссылку не привожу, статья легко неходится по названию, язык - английский.

Спасибо, Володя., кому интересно, добавил статью вложениями в первом сообщении темы.
Почитаю вечером, люблю ужастики на ночь.

[Melnikoff]

Я долго не мог понять, что такое эта их "Филогенетика" и "филогенетическое"... Нескоро сообразил - это заморский синоним к слову эволюционное... Ну, тупые...

[Волорт]

О переводе писал с телефона, т. к. там мелко. Посмотрел на компе и понял что я читать этот бред даже в переводе не буду. Всем спасибо.

[vlani]

Заморский синоним к исконно русскому слову Строго говоря нет, конечно. Эволюция - процесс, фологинетика описывает только структуру образовавшихся в его результате родственных связей в виде дерева с листями - отсюда "фило". Как и почему эти "листья" появились филогенетику не интересует

[kynik]

В частности, известная по крайней мере с 2004 года близкородственность пелецифор и эскобарий у них сформулирована в виде перевода эскобарий, вместе с выпадающей из корифантового клада корифанной макромерис, в более старый род Pelecyphora.

Очередная вспышка гнева горячих последователей старины Бакеберга, разумеется, вскоре последует

Ну о близкородсвенности пелецифор и эскобарий высказывались даже раньше 2004, лет так на пять.
Lepidocoryphantha Backeb. 1938; L. macromeris (Lem.) Backeb. А некоторым понадобилось восемьдесят лет и сложное исследование чтобы сделать аналогичный вывод. Бакеберг талант однако.

Phylogenetic relationships of Coryphantha and close related genera. Majority rule phylogram,
from the BI analysis using cpDNA sequences, indels, and morphological partitions (combined analysis).

Филограмма правила большинства,
из анализа BI с использованием последовательностей хпДНК, вставок и морфологических разделов (комбинированный анализ).

Я половины терминов там не понимаю

”BI” и “combined analysis” сокращения принятые в статье, indels по русски так и будет индели, вряд ли машинный перевод можно признать «нормальным» слишком узко специальный текст. Базовую терминологию не так уж трудно найти, есть даже учебник.

Заморский синоним к исконно русскому слову Строго говоря нет, конечно. Эволюция - процесс, фологинетика описывает только структуру образовавшихся в его результате родственных связей в виде дерева с листями - отсюда "фило". Как и почему эти "листья" появились филогенетику не интересует

Эволюционное дерево и филогенетическое дерево вообще-то синонимы, и эволюция и филогенез часто тоже.
Филогенез (и производные от него филогения, филогенетическое дерево) происходят от двух греческих слов φῦλον род, племя и γένεσις возникновение, происхождение. «Лист» на греческом и латинском пишется с двумя «л», как в Phyllocactus.

Заодно я выборочно посмотрел что там за морфологические признаки использовались в исследовании и сильно удивился.
Coryphantha clavata 4-7 см диаметром и от 10 до 30 высотой имеет по мнению авторов цилиндрическую форму роста, а Cochemiea poselgeri 4 см диаметром и 0,6-2 м высотой коротко-цилиндрическую. 2 м короче 30 см?
Coryphantha elephantidens 8 см высотой и 10 см диаметром – depressed-globose cдавленно-шаровидный стебель.
Coryphantha retusa 8 см высотой 10 см диаметром – globose шаровидный.
По окраске плодов еще хуже.
У Coryphantha delaetiana плод по мнению авторов красный, а по описанию он зеленый, как и у всех прочих корифант.
У всех исследованных эскобарий плод красный. Но по описаниям у Escobaria chihuahuensis — зеленый, а красный он у subsp. henricksonii; у Escobaria laredoi – бледно-розовый или бледно-зеленый; у Escobaria vivipara – зеленый или коричнево-красный. И т.д.
Ну и как вишенка на торте – расположение цветков, по мнению авторов у всех корифант и эскобарий, за исключением C. recurvata и E. chihuahuensis, цветки апикальные (верхушечные), что явно не так. Они морфологию-то учили? Или они шибко узкие спецы?
По этому конечное дерево можно не принимать во внимание. А к промежуточному нужно относится как к гипотезе. И помнить, что дерево показывает что пелецифоры и эскобарии ближе друг к другу, чем к корифантам. А ранжирование это исключительно произвол авторов. И здесь они ни чем не отличаются от классических систематиков (фенетиков). Кроме того чтобы выдвинуть более-менее достоверную гипотезу нужно исследовать не менее двадцати участков ДНК разных клеточных компартментов (суммарной длиной около 20000 пн, т.е раза в четыре больше пн, чем в данной работе, и не только хлоропластное ДНК) и более репрезентативная выборка Escobaria.

[vlani]

Что такое "пн" в длинне ДНК?

[Исабель Шплиттер]

Что такое "пн" в длине ДНК?

Пар нуклеотидов.

[kynik]

Без понятия. Цифра взята из краткого обзора методов построения филогенетических деревьев по данным о последовательностях ДНК. А там только отсылка на первоисточник. Чисто теоретически чем больше данных тем достовернее полученное дерево. Может оптимальное соотношение цены и качества? Каков средний размер ядерного генома у кактусов не знаю, но если мне не изменяет память маленький геном это около 150 000 пар нуклеотидов. Соответственно стоимость исследования такого полного генома больше раз в 30, а на практике наверное еще выше.

[vlani]

Зависит от полиплоидности, базовая цифра - что-то вроде 1.6 миллиарда весь геном у кактусов У коронавируса для сравнения 30000 длинна.
Технология сканирования состоит в том, что ДНК делят на куски 1000-30000 "баз" длинной - в англоязычной терминологии, каждый кусок сканируют, а потом пытаются собрать из этих данных целую молекулу. Чисто компьютерное время до нескольких месяцев на такую сботку.
Но это если пытаться получить полный геном. Что там и как делают в этих работах - не представляю

[kynik]

Да с цифрой полного ядерного генома я сильно промахнулся, на три нулика. В интернете есть только работы по полному хлоропластному геному нескольких видов кактусов: длина от 107 тыс. до 150 тыс. п.н.

[Исабель Шплиттер]

Что там и как делают в этих работах - не представляю

Используют отдельные маркеры: либо только хлоропластные, либо с некоторыми ядерными. Обычно не больше 5-ти в сумме.
P.S. Хотя есть исследования, в которых используется большее количество маркеров: есть по филогении кактусов работа с 13-ю маркерами.

[kynik]

Сравнительно недавно я прочитал что при выяснении последовательностей ДНК на тысячу пар нуклеотидов в среднем один определяется неверно. На примере данного исследования это 4 ошибки на вид, и всего примерно 350. Мне вот интересно что с этими ошибками делают геносистематики?

[vlani]

С ошибками не все так однозначно Если прочитать три раза тот же геном то уже одна ошибка на миллион. Но есть и другие ощибки, связанные с тем, что при "сборке" можно потерять повторяющиеся последовательности размером с читаемый сегмент. В общем, эвристика рулит

[kynik]

Если прочитать три раза тот же геном то уже одна ошибка на миллион

Я сомневаюсь что они дважды проводят секвенирование, у уж чтобы три раза – это вообще невероятно. Это же увеличит стоимость исследования. Часто готовые последовательности берут из базы данных.

эвристика рулит

А ну да. Кладистика говорит что эволюция движется равномерно, поэтому можно взять любой участок ДНК и построить по нему филогенетическое дерево. Что и сделали для переский в начале 2000. Но потом построили дерево по другому участку хлДНК и, о чудо, деревья получились разные. Кто-то усомнился в методе построения этих деревьев. Да нет, слитные последовательности, и мы уже имеем третье дерево. Это типа сделало полученное дерево более достоверным. И даже сделали вывод о парафилии переский, что по морфологии бред сивой кобылы. Потом привлекли еще один участок ДНК и получили четвертое дерево, которое вообще не имело ни чего общего с первыми тремя. Но это было в работе о маммиллариях, И те кто занимается перескиями ее просто не заметили.
Или молекулярные часы. Их предложили еще в конце 60-х. И довольно быстро выяснили что скорости эволюции в разных группах разные, и что данные полученные в одной группе нельзя экстраполировать на другую группу. С тех пор ничего не изменилось. Тем не менее возраст Cactaceae известен. Как определили? А по молекулярным часам, по числу замен у переский и средней скорости появления их кажется у трав. Других же способов определить возраст семейства как бы нет, по этому сойдет и так.
И так везде. Типа мы знаем что наши методы корявые, но других у нас нет. Но они точно круче чем у классических систематиков. Лучшие из существующих. Наша вера как гранит. Вот когда предложат новый революционный метод мы дружно признаем что нынешние полная хрень и забудем их как страшный сон. Но идиотские выводы вполне могут остаться, как, например, объединение неопортерий и пиррокактусов в один род, хотя о числовой таксономии сейчас никто не помнит, а ведь тоже обещали революцию в систематике

[Melnikoff]

Не верю своим глазам! Выводы полностью поддерживаю.

[vlani]

Чтобы хоть что-то можно было говорить разумное надо сканировать не одно растение, а делать случайную выборку по популяции со сколько-то статистически значимым числом индивидуумов, ну там штук 1000 например Посмотреть, что там меняется от экземпляра к экземпляру. Так поработать с сотней-другуй популяций - насколько одинаково все будет при таком подходе. Наверняка проявятся всякие особенности, которые надо будет как-то отсортировать, обдумать.И таким методом поизучать пару сотен видов, чтобы понять вообще, как выглядит обшая карнтина и что мы собственно изучаем.

Но это взгляд закоренелого материалиста Реальность всегда выглядит иначе. Цена полного скана геома сегодня что-то порядка $1000.