Объявление

Свернуть
Пока нет объявлений.

Две рботы по систематике рода Echinopsis - Trichocereus

Свернуть
X
 
  • Фильтр
  • Время
  • Показать
Очистить всё
новые сообщения

  • vlani
    Участник ответил
    На самом деле корень проблемы даже не в методах анализа а в самом понятии вида. Оно основано на ряде предположений вроде линейного развития, и вообще говоря пытается описать состояние динамической - меняющейся во времени - системы в статических терминах. Вид более-менее устойчив в интересующий нас промежуток времени, но этот промежуток ничем не особенен, кроме того что он удобен нам. Когда мы говорим о резделении ареалов мы как-бы подразумеваем что они никогда обратно не соединятся - а почем нам знать?

    То есть когда количество информации достигает критической массы - она перестает влазить в нашу модель миропонимания. Примерно что мы сейчас и наблюдаем.

    Но количество таких исключений вроде Буинингии в кладе Ребуций довольно мало, то есть вроде-бы в целом все худо-бедно работает. С Буинингией разберуться я думаю - такие нестыковки это хорошая возможность узнать что-то новое.

    Прокомментировать:


  • Виталий Кулаков
    Участник ответил
    на самом деле систематика определяется как наука, устанавливающая родственные связи в живом мире. То есть по определению, все построенные системы основываются не на сходстве, а на родстве! Методы выявления родства все совершенствуются. Классические - анатомо-морфологические и палеонтологические методы установления родства сейчас активно дополняются новыми. На первом месте из современных - методы молекулярного анализа.

    Но Влани немного не прав, описывая объект этого анализа. Дело в том, что секвенировать ("расшифровать") весь геном исследуемых организмов пока невозможно по техническим и экономическим причинам. А следовательно, полностью генетическую близость одних с другими сравнить нельзя. Все выводы делаются по очень маленькому участку генома. И тут возникает проблема - если этот участок представлен кодирующей белок последовательностью, то он является геном, определяющим какой-либо признак организма ("фен"). А если он определяет признак (который есть приспособление к условиям обитания), то он подвержен процессу отбора в эволюции! Следовательно сходные участки могут быть не у родственных по происхождению видов, а у видов приспособленных к одинаковым условиям! Эта та же конвергентность, что и у признаков! Поэтому по значащим участкам генома не очень родство и определишь. А если этот участок относится к какому-то базовому процессу, то он вообще подвержен жесткому стабилизирующему отбору и вообще малоизменчив. Такие участки не годятся для систематических исследований. Поэтому, на самом деле исследуются вовсе не консервативные (малоизменчивые) участки генома, а участки, которые не кодируют белки и, по современным представлениям, не участвуют в жизни организма и не подвергаются давлению отбора. Мутации (изменения последовательности нуклеотидов) в таких участках, опять же по современным представлениям, возникают более-менее равномерно во времени. А так как отбору они не подвержены, то потомкам передаются все возникшие мутации...

    Таким образом, сходство этих некодирующих участков (интронов) говорит НЕ О РОДСТВЕННОСТИ организмов, а о малом времени разделения популяций, а разность участков - о большом времени разделения. Конечно, обычно время изоляции пропорционально и степени родства. но вполне возможна ситуация. когда две популяции разделились давно, но обе не эволюционировали (были стабилизированы) и являются близкородственными, хоть в их интронах много различий. В то же время, бурно эволюционирующая отделившаяся популяция может иметь меньше отличий в интронах, но быть менее родственной! Таким образом, на самом деле мы видим на кладограмму родственных связей, а кладограмму временных промежутков изоляции популяций!

    Вторая проблема - в методах построения кладограмм. Они строятся по принципу максимальной парсимонии - тезиса об однонаправленности эволюции. Возможности реверсии отбрасываются. Также кладограммы базируются на принципе случайности - то есть любое изменение последовательности нуклеотидов считается равновероятным. Хотя, все больше данных о том, что гомологические ряды (а это истинный ужас систематиков) существуют и на молекулярном уровне.

    По этим причинам, следует аккуратно относится к молекулярной систематике (как и ко всем остальным методам кладистического анализа). Широкое распространение кладистики в современной систематике во многом определяется ленью исследователя - ввел шкалу признаков, оцифровал и засовывай в компьютер для кладистического анализа! Своей головой не очень и думать надо...

    Прокомментировать:


  • Pervogor
    Участник ответил
    Ничего обидного, я бы даже сказал по другому: если я был не прав в чем-то, а собеседнику это часто виднее, то я сильно извиняюсь.
    С уважением,
    Владимир

    Прокомментировать:


  • Pervogor
    Участник ответил
    Ничего обидного здесь для меня нет. Вы правы, незачем здесь землю рыть в поисках ответов на вселенские вопросы. Об отношении к признакам я написал. Для меня просто признаки делятся на признаки организма, но не вида, и на признаки, которые являются маркерами родства. По 2 вопросу процедура другая. Сначала должна быть идея о родстве, потом идея о том как проявляется это родство. Потом это проверяется, пока сам не убедишься, что ответ найден. Никаких реповидных корней и первых попавшихся признаков для анализа, это пальцем в небо, и жизни не хватит. Или же обращаться тогда к кладистике. Что касается особенностей развития растительного мира, то видимо они существуют, раз Вы об этом говорите, но разве есть концепции биологического вида отдельно для растений, а отдельно для животных? да и царств на Земле больше 2. А в остальном мы часто спорим об одном и том же, не находя понимания, видимо, из-за разной терминологии. Но она не с неба берется. Многие вещи давно описаны, да и опыт кое-какой есть, когда перед глазами прошел богатейший материал из сотен родов с десятками тысяч видов, это похлеще любого детектива, разбираться в отношениях родства в таком объеме.

    Прокомментировать:


  • Дмитрий2
    Участник ответил
    Володя, понятно, что в воздухе витает. Просто в этой твоей мысли перевернута с ног на голову историческая последовательность. Сначала были системы, основанные на сходстве, а потом они стали стремиться к естественности (учету родства с учетом сходства). Из твоей реплики следует несколько обратная логика...

    Pervogor

    1. Смотрите - сначала Вы вводите термин. Тут же сами его оспариваете в том же сообщении "а почему тот так назвали", оставляя (видимо) именно за собой право решать, что филогенетически важно, а что не очень.
    А потом опять, когда *подсознательно) речь заходит о признаках, которые Вы считаете важными: "А как еще можно назвать эти признаки?"

    А я лично не знаю....просто признаки! С оговорками, что тот или иной признак более консервативный, а другой менее консервативный. Как, например, с окраской семян у корифант.



    2."Важнейшая проблема при определении родства - поиск общих новоприобретенных признаков изучаемой группы, т.е. апоморфных."

    Ничего себе. Находим кучу растений, произрастающих на одной местности и при определенных условиях последние несколько тысяч лет, видим у них набор сходных признаков (как адаптаций к определенным условиям - например, большой подземный реповидный корень) и говорим - это родственники! Правильно я понял эту фразу?

    Не очень понял в чем смысл поиска общих новообретенных признаков у родственных видов, оказавшихся волей случая в разных условиях существования!


    3. "Это все равно, что пытаться найти сходство между псовыми и собачьими"

    Совсем не догнал эту мысль. О чем речь?



    4. "признать родство мамиллярий с корифантами на том основании, что у них есть колючки"

    Совсем не понял. Я говорил об очень конкретной группе признаков, в связи с признанными большинство исследователей (не кактусов, а вообще)особенностями их наследования. При чем тут колючки?
    Вы очень увлекаетесь использованием биологической терминологии, непонятной 95% этой аудитории. Сразу видно, что вы зоолог, активно интересующийся определенной смежной тематикой. Среди моих коллег были в свое время такие. К сожалению, и мне их речь и тогда, и сейчас была малопонятна, но казалось, что далека от вполне прикладных вопросов. Иными словами и честно - мне все казалось высшей степенью занудности, простите меня, если это прозвучало немного обидно.

    Это я к чему собственно? Что я вряд ли смогу быть Вам достойным собеседником. Это раз.
    Развитие растительного мира имеет определенную специфику по сравнению с животным, что влечет за собой более аккуратное приложение "зоологических" знаний к ботаническим объектам. Это два.

    Прокомментировать:


  • Pervogor
    Участник ответил
    Сообщение от vlani
    Но вид определяется не так
    я имел ввиду надвидовые таксоны, например, уровня рода

    Прокомментировать:


  • vlani
    Участник ответил
    Сообщение от Pervogor
    конкретного признака, который должен быть новым и уникальным для двух таксонов
    Но вид определяется не так. Главный критерий - изоляция наследования, плюс-минус размазанная по времени-пространстве. Организмы могут быть или не быть похожи внешне - это не важно вообще. Скорее всего в пределах вида будут в той или иной степени похожи - но это следствие родства а не причина их считать одним видом. Куча примеров когда бывают похожи больше с дальними родственниками чем с ближними. Конвергенция эволюции или наше понимание похожести тому виной.

    Прокомментировать:


  • vlani
    Участник ответил
    Сообщение от Дмитрий2
    а откуда этот тезис взят? Просто интересно
    Ну какбэ в возлухе витает, всем очевидно и не обсуждается, разве нет? Все же эволюционисты?

    Анализ действительно чисто статистический, я сначала вообще читая эти статьи не мог понять при чем тут биология - терминология из статанализа. Логика понятная - чем больше сходство тем предполагается ближе родство. В модели линейного наследования так и есть, а нарушения модели вполне можно анализировать отдельно в воде исключенийй, так как они вроде бы редки.

    Сообщение от Artemiy
    названия этих трёх видов
    triglochidatus ssp mojavensis (2n=22)
    coccineus (2n=44)
    yavapaiensis (2n=66) http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00606-005-0390-9?LI=true

    Прокомментировать:


  • Pervogor
    Участник ответил
    Сообщение от Дмитрий2
    vlani"Систематика не строится на основе морфологии, систематика не строится на основе внешних признаков, систематика строится на основе родства."
    Если брать сам принцип. Скажем так, филогенетические древа строятся, по крайней мере должны, на основе родства, и внешние признаки, в том числе морфологические, прекрасно служат этой цели. А у животных дополняются многими другими, поведенческими, коммуникативными и т.д. Конечно, могу назвать не один определитель, например, насекомых, что мне ближе, таблицы которых написаны на основе сходства.
    Сообщение от Дмитрий2
    А откуда взялся термин "филогенетически важный", неужели я где-то обмолвился?
    А как еще можно назвать эти признаки? Это понятный нейтральный термин, который гораздо лучше подходит в нашем обсуждении, чем просто таксономический признак.
    Сообщение от Дмитрий2
    самые консервативные (маломеняющиеся со временем) молекулы ДНК/РНК - это митихондриальные и хлоропластные
    Не думаю, что это верный подход. Важнейшая проблема при определении родства - поиск общих новоприобретенных признаков изучаемой группы, т.е. апоморфных. По-моему, сходство на основе плезиоморфий далеко не всегда приведет нас к правильным выводам. Это все равно, что пытаться найти сходство между псовыми и собачьими по признаку наличия 4 конечностей, или вскармливания детенышей молоком, или, что нам ближе к теме, признать родство мамиллярий с корифантами на том основании, что у них есть колючки
    Сообщение от Дмитрий2
    Весьма, видимо, справедливо предполагая - больше сходства, значит больше родства. Меньше - значит меньше.
    Опять же, это верно лишь в принципе. При ближайшем рассмотрении оказывается, что существуют большое количество эволюционных тенденций развития признаков, приводящих к инверсиям состояний признаков, когда у молодых таксонов укрупняется тело, чрезмерно развиваются какие-то структуры, свойственные архаичным таксонам, и мы знаем их как плезиоморфии, но в данной группе они оказываются инновациями. Проявляется эффект канализованного развития сходства не основанного на родстве; самих признаков, тех же апоморфий, пришедших к этому состоянию через развитие реверсий. Все эти "вещи" я бы назвал ложными друзьями систематика. А поэтому общая фраза - больше сходства, значит больше родства - верная в общих чертах, теряет смысл при рассмотрении конкретного признака, который должен быть новым и уникальным для двух таксонов, тогда их можно признать между собой близкородственными. Ситуация с использованием внутренних признаков, молекулярных и прочих, и самого кладанализа тем и плоха, что априори доверия к одному конкретно взятому признаку никакого нет, приходится оперировать большими массивами и опираться на статистику

    Прокомментировать:


  • Дмитрий2
    Участник ответил
    vlani
    "Систематика не строится на основе морфологии, систематика не строится на основе внешних признаков, систематика строится на основе родства."

    Володя, а откуда этот тезис взят? Просто интересно!

    Pervogor
    "не каждый признак годится, его нельзя выбрать и назначить "филогенетически важным""

    Вы пишите очень большими блоками, даже не понятно - где вопрос и на что отвечать.
    А откуда взялся термин "филогенетически важный", неужели я где-то обмолвился?
    На мой взгляд, все немного проще.

    Есть группа видов (и родов), которую заподозрили в родственных связях. Не понятно по каким соображениям! (Мне, кстати,например, непонятно почему в этой статье привлечены 2 виггинзии для анализа!) Но не в этом суть.

    Заподозрили, и теперь хотят проверить генетическими методами. Если не ошибаюсь, то самые консервативные (маломеняющиеся со временем) молекулы ДНК/РНК - это митихондриальные и хлоропластные. (Если я не правильно помню, пусть меня поправят, но опять же не в этом суть). Поэтому берут молекулы из этих органелл, отделяют, соответствующим образом нарезают и отбирают нужны фрагменты - возможно по каким-то чисто технологическим соображениям - умение выделять, собирать отдельно и т.п. А потом сравнивают.

    Весьма, видимо, справедливо предполагая - больше сходства, значит больше родства. Меньше - значит меньше. Методы носят, видимо, и дополнительную вероятностную окраску. С вероятностью, например, в 95% виды А и Б, более родственные чем А и С или Б и С. А дальше с учетом этой новой информации делается корректировки в системе, построенной на морфологических (цмтогенетических, биохимических) признаках.

    Это положение СЕГОДНЯ! Завтра будет завтра!!! Или будут найдены дополнительные подтверждения правоты этой точки зрения, либо полностью она будет опровергнута, либо очередной компромисс в виде новой корректировки, в той или иной степени принципиальной или непринципиальной.

    Прокомментировать:


  • Artemiy
    Участник ответил
    Сообщение от vlani
    Имея наметанный глаз я более-менее надежно умею эти три вида отличать по внешности,
    Vlani, обнародуйте,пожалуйста, названия этих трёх видов.

    Прокомментировать:


  • Pervogor
    Участник ответил
    Сообщение от vlani
    систематика строится на основе родства
    Все это я прекрасно понимаю, и вижу, что Вы здраво отдаете себе отчет о всей сложности биологических систем и многообразии проявлений родства. И я совсем не против использования признаков внутреннего строения и кладистического анализа, о чем я уже говорил в самом начале. Я ратую лишь за приоритет здравого смысла, я против абсолютизации того или иного метода и призываю осторожно относиться к выводам, основанным на кладанализе, если они не подтверждаются данными эволюционной морфологии и тем более, если противоречат им. Дальше не хочется рассуждать, полно этих примеров.

    Прокомментировать:


  • vlani
    Участник ответил
    Сообщение от Pervogor
    Иными словами
    Систематика не строится на основе морфологии, систематика не строится на основе внешних признаков, систематика строится на основе родства. Это вроде как аксиома и не подлежит сомнению. То есть тот признак для построения систематики, который вы ищете, он имеется, но не там куда вы смотрите. Признак - это родство, а не количество ребер или например строение цветка. Морфология помогает определить родство но не на 100% надежно и тем более не определяет его - в силу многих факторов.

    Опять же пример. Морфология репродуктивных органов вполне успешно использовалась в систематике для определения родственных связей. Но то что строение цветка определяется родством - правда только до какой-то степени. Цветок как и любой орган подвержен изменчивисти - движимой адаптациями. Форма например определяется тем кто опылитель, близкородственные и наоборот неродственные растения вынуждены адаптироваться под разных опылителей - кто под колибри кто под бражников кто под пчел и т.д. Поэтому например цветки маммилопсиса похожы на цветки зигокактуса, пусть только на первый взгляд, а на цветки маммки лонгифлоры и лазиаканты - вроде и нет.

    Молекулярный анализ вполне доказал свою состоятельность. Просто потому что он позволяет рассматривать очень большой набор признаков, на основе которых потом проводится статистический анализ, он весьма эффективен. Строение ДНК/РНК - это тоже признак, согласитесь. Признак вполне повторяемый, что доказано давно и вроде как не обсуждается. То что его не видно простым глазом - так мы много чего не видим простым глазом, даже банальные ультрафиолетовые маркеры на цветке которые различает любая пчела.

    Прокомментировать:


  • vlani
    Участник ответил
    Сообщение от balanovskiy
    признаны только 3 вида ехиноцереусов
    Три и "только три" - это немного разные вещи. Я имел ввиду наличие во всем многообразии ехиноцереусов трех видов легко разделяемых не по внешним признакам а по полиплодности, которая в том числе определяет нескрещиваемость - важный видо-определяющий признак. Внешне растения похожи - стебель, цветки-плоды.. Имея наметанный глаз я более-менее надежно умею эти три вида отличать по внешности, но не всегда на 100%, формализовать различия в табличку довольно трудно. А полиплодность в данном случае надежный определяющий признак.

    Прокомментировать:


  • Света
    Участник ответил
    А что ошибку в названии темы никак не поправят. Или это так правильно?

    Прокомментировать:

Обработка...
X