Scabrosemineum - Новый подрод гимнокалициумов.

[МихаилШ]

Забавная дискуссия. В стиле "не читал, но осуждаю" )))

[Виталий Кулаков]

Мне не совсем понятно отсутствие окаменелых остатков древних кактусов

Условия для фоссилизации никакие там, где обитают кактусы...

[Hunter]

Неужели современные ученые стоят на тех же методологических принципах?

Еще как стоят! Особенно физики ... многие элементарные частицы были предсказаны абстрактно, а потом были найдены в природе ... Сейчас вот ищут мифический бозон Хиггса
Природа - структурна, и ее структуру надо найти ... или выстроить, а потом доказать ее правильность.
А кактусы - часть природы)

[dmitryb]

Виталий Кулаков Написал:
-
> Мне не совсем понятно отсутствие окаменелых
> остатков древних кактусов
>
> Условия для фоссилизации никакие там, где обитают
> кактусы...

Кактусы вроде бы обитают практически везде и в Южной и в Северной Америке. Там что не удается найти никаких фоссилий растений или только кактусы куда-то исчезли?

[Виталий Кулаков]

Возражения у меня вызывает методический принцип, когда смешиваются объекты материального мира и их характеристики с теоретическими абстракциями и из этого пытаются строить единую таксономию

Все просто - кладограмма не есть эволюционное древо... просто внешне похоже. Причем вы путаете таксономию и систематику... это немного разные понятия. Таксономия - как разбить растения на "кучки" - таксоны, а систематика - какие кому родственники... несколько разные задачи. Еще раз повторю - в кладограмме отражены не родственные отношения и отношения подобия, а временные промежутки изоляции таксонов. Два БЛИЗКОРОДСТВЕННЫХ таксона, обладающие множеством общих генов, но долгое время изолированных могут оказаться на кладограмме дальше, чем два более различных, но позже обособившихся...

Да и сама кладограмма строится на основе максимальной парсимонии, что, скорее всего для реального процесса эволюции несколько неверно...

Кроме того, не забываем методологические недостатки молекулярных методов, такие как:
1. Ошибки определения образцов ("ваучеров") - их люди делают, и всегда возможно обозвать одно растение именем совсем иного;
2. Недостаточное представление объема и разнообразия внутренней (исследуемой) группы, при углублении исследования возможно коренная перестройка кладограммы, так как она статистически выводится и очень чувствительна к выборке;
3. Практически случайный выбор секвенируемых локусов, без достаточной проработки их эволюционного значения для той или иной группы растений;
4. И связанное с предыдущим не совсем ясное понимание, подвержены или нет выбранные локусы давлению отбора... а от этого во многом зависит трактовка результатов.

[Виталий Кулаков]

Кактусы вроде бы обитают практически везде и в Южной и в Северной Америке. Там что не удается найти никаких фоссилий растений или только кактусы куда-то исчезли?

Не совсем везде, а в аридных местообитаниях, в которых условий для фоссилизации нет... Остатки остаются, в основном, в гумидных местообитаниях.

[Виталий Кулаков]

Кроме того, остатки растений, в основном, представлены легко отделимыми и переносимыми частями, которые попадают в речные наносы и т.п. В основном - листьями... У кактусов с подобными частями проблемы! Также не способствует сохранению и сочные плоды, так как в отличие от сухих и склеротизированных сохраняются намного хуже, да и попросту съедаются "потребителем"...

[dmitryb]

Еще как стоят! Особенно физики ... многие элементарные частицы были предсказаны абстрактно, а потом были найдены в природе ... Сейчас вот ищут мифический бозон Хиггса

Считаю, что Вы ошибаетесь. Безусловно современные физики и математики идут от моделей, но я еще нигде не встречал путаницы между моделями и реальными процессами, измеряемыми приборами.
Бозон Хиггса - это часть теоретической модели. Прилагаются усилия, чтобы его найти и только в этом случае теория будет считаться подтвержденной.
У меня не вызывает возражений метод согласно которого можно будет предсказать возможность существования какого-то растения, в данном случае - кактуса и попробовать его поискать. Это было бы даже здорово! Но если это растение не найдено, то нужно в какой-то момент признавать теорию ошибочной. В случае же кактусов, как я понял, никто ничего искать и проверять не собирается и в предложенную модель со всем набором мудренных слов предлагается просто поверить...

[dmitryb]

Все просто - кладограмма не есть эволюционное древо... просто внешне похоже. Причем вы путаете таксономию и систематику... это немного разные понятия. Таксономия - как разбить растения на "кучки" - таксоны, а систематика - какие кому родственники... несколько разные задачи. Еще раз повторю - в кладограмме отражены не родственные отношения и отношения подобия, а временные промежутки изоляции таксонов. Два БЛИЗКОРОДСТВЕННЫХ таксона, обладающие множеством общих генов, но долгое время изолированных могут оказаться на кладограмме дальше, чем два более различных, но позже обособившихся...
Да и сама кладограмма строится на основе максимальной парсимонии, что, скорее всего для реального процесса эволюции несколько неверно...
Кроме того, не забываем методологические недостатки молекулярных методов ...:

Тем более. А как тогда сами авторы подобных методов предлагают проверять их теории? Время изоляции таксона вряд ли можно померить... Как можно проверить правильность систематизации, если предки умерли, а колючие сиротки сами ничего исследователям рассказать не могут?

[Виталий Кулаков]

какие теории? Итоговая кладограмма читателям представлена - это и есть результат исследования. Эта кладограмма сделана на очень небольшой выборке и на ее основе никаких систематических заключений строить нельзя. Только некоторые гипотезы и предположения...

Вот будет 5000 образцов, да всех видов, да с не одной популяции и с географической привязкой - тогда можно о чем то и поговорить... Качество выборки будет совсем другой...

Кладограммы, кстати весьма артефактны... выделение групп явно "подогнано" под красивую кладограмму, какую хотели авторы до начала исследования. Например достоверность отделения группы D - 79% что для крупной таксономической единицы не так много, а D2, возводимой авторами в подрод - 57%! Что вообще может считаться недостоверно! 50% это случайное распределение, а 57% не далеко от него ушло! То есть иная "тасовка" таксонов в кладограмме может быть в этой подгруппе даже вероятнее!

[dmitryb]

Кладограммы, кстати весьма артефактны... выделение групп явно "подогнано" под красивую кладограмму, какую хотели авторы до начала исследования. Например достоверность отделения группы D - 79% что для крупной таксономической единицы не так много, а D2, возводимой авторами в подрод - 57%! Что вообще может считаться недостоверно! 50% это случайное распределение, а 57% не далеко от него ушло! То есть иная "тасовка" таксонов в кладограмме может быть в этой подгруппе даже вероятнее!

А что в таких методах понимается под достоверностью?

[Виталий Кулаков]

Компьютером было построено 2000000 возможных кладограмм. Число на "ветви" означает в какой доле кладограмм из этого числа данная группа отделялась. Итоговоя кладограмма выбирается по максимальной сумме этих достоверностей для всей кладограммы...

[dmitryb]

Виталий Кулаков Написал:
-
> Компьютером было построено 2000000 возможных
> кладограмм. Число на "ветви" означает в какой доле
> кладограмм из этого числа данная группа
> отделялась. Итоговоя кладограмма выбирается по
> максимальной сумме этих достоверностей для всей
> кладограммы...

Если я Вас правильно понял, то речь идет о чем-то типа оценки статистической значимости результатов каких-то вычислительных экспериментов и к достоверности в общенаучном или чисто бытовом понимании этого термина не имеет никакого отношения.

[Виталий Кулаков]

Ну да, это не достоверность в статистическом смысле, вроде расчета коэффициента Стьюдента... Но в бытовом смысле все нормально - чем выше это число, тем более доверия к этому разделению!

[Исабель Шплиттер]

to Dmitryb
Все же в вышеупомянутой, и других подобных работах оцениваются различия между реально существующими участками хлоропластных ДНК реально существующих экземпляров. Геносистематика, которая реконструирует родственные отношения по молекулярно-генетическим данным (ДНК, например), имеет дело с тысячами пар нуклеотидов, поэтому целиком опирается на количественные методы оценки сходства и построения молекулярно-генетических древес. Без компьютерного моделирования здесь – никуда.
Другое дело, что молекулярно-генетические реконструкции нельзя отождествлять с филогенетическими, получаемыми методами классической систематики (сравнительно-анатомическим, сравнительно-морфологическим, эмбриологическим, палеонтологическим и т.д.). Их нужно рассматривать не как заменяющие филогенетические реконструкции (что иногда наблюдается), а как источник дополнительных данных для уточнения филогенетического статуса отдельных таксонов.